豆制品污水可生化性好，BOD/COD高达0.55~0.65，C:N:P平均为100:4.7:0.2，除pH值比较低外，有毒有害物质很少，适宜用生物法进行处理。
豆制品污水是一种高浓度有机废水，对于这类废水的处理，厌氧生物处理与好氧生物处理相比，具有剩余污泥量少，设施所占空间小的优点。由于我国豆制品厂具有布局分散、规模小的特点，一般采用UASB和AF这些已经成熟的生物处理工艺。但是只通过厌氧处理，很难达标排放，因此一般都会采用厌氧加好氧的处理工艺处理豆制品污水。好氧生物处理一般采用活性污泥法，氧化塘法和SBR法等。
在豆制品污水处理时要注意以下问题：
（1）   豆制品生产属于间歇生产方式，排水时间较集中，水量和水质很不均匀；
（2）   SS高达1000~1500mg/L，厌氧条件下易在废水表面形成浮渣层；
（3）   高浓度废水在厌氧处理过程中易酸化，使厌氧单元的处理效果恶化；
（4）   好氧阶段采用活性污泥法处理，易产生污泥膨胀。